À Tron: Legacy, Sam Flynn (Jeff Bridges) est le fils d'un développeur de jeux vidéo célèbre. L'histoire tourne autour de son père Kevin Flynn (Jeff Bridges), qui a été piégé dans le cyberespace depuis vingt ans. Malgré le fait qu'il a longtemps pensé à partir, il est piégé pour la deuxième fois, cette fois-ci avec l'aide du guerrier quorra. Dans le Cyberworld, Sam découvre qu'il est beaucoup plus avancé que tout ce que Kevin n'aurait jamais pu imaginer.
L'histoire commence avec Kevin Flynn, un concepteur de jeux vidéo, essayant de découvrir le passé de ses pères et son arrivée. Il croit que ses idées ont été volées par Edward Dillinger et des ticks dans le système informatique de son entreprise. Il est numérisé par une entité informatique menaçante qui l'utilise pour se venger. Lorsqu'il découvre que son père est toujours vivant, il est dévasté et incertain de son avenir.
À Tron: Legacy, le joueur est un programme AI, qui doit traverser Tron City pour trouver un portail. Afin d'atteindre le portail, le joueur doit sauter sur des murs de données, glisser à travers des lacunes, moudre sur des rails et utiliser son disque d'identité vers Derez ennemis. Le joueur doit compléter une mission en utilisant un nouvel outil appelé S-Cube. Quelques ennemis apparaîtront dans le jeu qui nécessitera l'utilisation d'un dispositif de téléportation.
